從基因組到花園引入園藝作物HortGenome搜索引擎
HortGenome搜索引擎 (HSE) 推出了一款突破性工具,徹底改變了園藝作物遺傳學的探索。HSE 能夠快速訪問和分析來自 500 多種植物的數據,增強了我們解碼復雜遺傳網絡的能力。此次發布標志著園藝研究的一個關鍵進步,為人類營養和健康至關重要的作物遺傳學提供了詳細的見解。
隨著基因組學徹底改變了我們對園藝作物的認識,研究人員經常要處理分散而復雜的基因組數據。這種碎片化嚴重阻礙了有效的分析和應用,因此顯然需要更具凝聚力的研究工具。面對日益增長的農業需求,滿足這一需求對于充分發揮基因組學洞察力以提高作物質量、多樣性和恢復力至關重要。
北京農業大學的研究人員與國際科學家合作,宣布開發了園藝基因組搜索引擎 (HSE),并于 2024 年 4 月 8 日發表在著名期刊《園藝研究》上。該研究 (DOI: 10.1093/hr/uhae100)介紹了一種新型搜索引擎,旨在查詢和分析 500 多種園藝作物的基因組數據,增強我們對基因功能和作物改良的理解。
HSE 將來自 500 多種園藝作物的基因組數據整合到一個統一的平臺中,提供輕松訪問和高效比較遺傳信息的功能。HSE 配備了基本局部比對搜索工具 (BLAST) 和同源性查看器等先進工具,簡化了基因查詢和功能注釋流程。批量查詢界面和富集分析等功能簡化了數據導航,提高了研究效率。該引擎能夠識別關鍵基因家族,如番茄中的 TCP 轉錄因子,凸顯了其在推動基因組研究和農業創新方面的重要作用。HSE
的共同開發者 Zhangjun Fei 博士表示:“HortGenome 搜索引擎是園藝基因組學的一項重要突破,提供了無與倫比的大量基因組數據訪問方式。該工具徹底改變了植物基因組研究,大大加快了作物改良的發現和應用。”HSE
不僅簡化了基因組研究,而且對作物育種和遺傳保護產生了深遠影響。通過簡化基因組數據訪問和分析,HSE 使研究人員能夠快速找到與理想性狀相關的基因,從而加速培育更有營養、更有彈性、更適合可持續農業實踐的作物品種。
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