斯坦福大學(xué)的 Bernard Kim 和同事在 7 月 18日出版的開放獲取期刊PLOS Biology上報告稱，大量新的基因組序列數(shù)據(jù)填補(bǔ)了果蠅生命之樹的重大空白。

果蠅是生物學(xué)研究中的經(jīng)典模式生物，也是首批進(jìn)行全基因組測序的物種之一。果蠅家族有 4,400 多個物種，其多樣性可以為我們了解進(jìn)化模式和過程提供參考。但這些物種中只有一小部分進(jìn)行了基因組測序，而且大多數(shù)已發(fā)表的果蠅基因組序列都來自一組非常有限的物種，這些物種具有代表性的近交實驗室菌株。

為了解決這一問題，研究人員對果蠅科 179 種果蠅進(jìn)行了基因組測序，包括野生果蠅、博物館保存的標(biāo)本和實驗室飼養(yǎng)的果蠅。他們使用一種結(jié)合了最新短讀和長讀測序技術(shù)的混合測序方法，從有限的材料中生成了低成本、高質(zhì)量的基因組序列。他們利用新的基因組序列和之前發(fā)表的數(shù)據(jù)，為果蠅科 360 種果蠅繪制了系統(tǒng)發(fā)育樹，加深了我們對這些物種進(jìn)化關(guān)系的理解。他們還比對了近 300 個果蠅基因組，作為未來比較基因組學(xué)研究(如全基因組比對)的開源工具。

雖然針對哺乳動物等大型生物的大規(guī)模測序工作正在順利進(jìn)行中，但這項研究表明，現(xiàn)在可以對單個蒼蠅等小型生物(即使是在博物館保存了長達(dá)二十年的生物)進(jìn)行基因組測序。

作者補(bǔ)充道：“現(xiàn)在完全可以設(shè)想組裝數(shù)百或數(shù)千個物種的基因組，甚至僅需一個實驗室的研究預(yù)算。這種大規(guī)模、分支水平的采樣將為我們提供前所未有的分辨率，用于研究果蠅等不同群體的基因組序列，這必將提高我們對進(jìn)化過程的理解。”