表觀遺傳漂移是表觀遺傳時鐘信號的基礎
一篇新的研究論文發表在《Aging》(被 MEDLINE/PubMed 列為“Aging (Albany NY)”和 Web of Science 的“Aging-US”)第16 卷第 2 期,標題為: “表觀遺傳漂移是表觀遺傳時鐘信號的基礎,但對壽命干預、發育和細胞去分化表現出不同的反應。”
在整個生命樹中觀察到 DNA 甲基化隨著年齡的變化。可以對這些變化的刻板性質進行建模,以產生能夠以前所未有的準確性預測實際年齡的表觀遺傳時鐘。盡管表觀遺傳時鐘具有預測能力及其在臨床應用中作為生物標志物的實用性,但產生時鐘信號的基本過程尚未完全解決,這限制了它們的可解釋性。
在這項新研究中,喬治亞大學的研究人員Emily M. Bertucci-Richter、Ethan P. Shealy和Benjamin B. Parrott開發了一種計算方法,可以在空間上解決 DNA 甲基化模式中的讀段內變異或“無序”,并測試是否DNA 甲基化紊亂中與年齡相關的變化是構成表觀遺傳時鐘的信號的基礎。
“在這里,我們應用新穎的基于讀取的策略來解決整個小鼠基因組中與年齡相關的表觀遺傳疾病。”
研究小組發現表觀遺傳時鐘位點在隨著年齡的增長而積累和失去紊亂的區域中豐富,這表明DNA甲基化紊亂與表觀遺傳時鐘之間存在聯系。然后,他們開發了基于 DNA 甲基化模式區域紊亂的表觀遺傳時鐘,并通過研究發育、壽命干預和細胞去分化的影響,將其性能與其他表觀遺傳時鐘進行比較。研究人員發現了典型的表觀遺傳時鐘與基于區域紊亂的時鐘之間的共同反應以及關鍵差異,證明了表觀遺傳衰老過程的根本脫鉤。
“總的來說,我們確定了表觀遺傳疾病和表觀遺傳時鐘之間的關鍵聯系,并證明了表觀遺傳衰老的多方面性質,其中非隨機基因座發生的隨機過程產生可預測的結果。”
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